Fue creada el 11 de abril de 1918​ en el marco de la Reforma Universitaria, entre otras cosas por reclamar un amplio ingreso a las universidades y un sistema autónomo y tripartito (docentes, graduados y estudiantes) de gobierno de las mismas, que es el que rige en la Argentina desde 1983. Su primer presidente fue Osvaldo Loudet.
El Primer Congreso Nacional de Estudiantes, fue convocado por la FUA y se realizó en Córdoba el 21 de julio de 1928.